Der Name lässt vermuten, dass das Dorf nicht alt ist und zu einer Zeit entstanden sei, wo das Strombett der Donau näher lag als heute. Ob es wirklich an der Stelle des verschollenen Pfarrdorfes Marquardsurfahr liegt, kann mit Sicherheit nicht behauptet werden. Im 14. Jahrhundert kommt Donaudorf unter den Namen Twnav (sprich Tunau) vor. Johann von Theiß verkaufte an Probst Jakob I. von Herzogenburg Grundstücke zu Donaudorf in der Pfarre Haitzendorf (1384).

Die Ortskapelle ist dem hl . Johann Nepomuk geweiht und wurde 1810 errichtet. Im Jahr 1996 wurde sie jedoch auf Grund des äußerst schlechten Bauzustandes abgebrochen und - unter tatkräftiger Mithilfe der Ortsbevölkerung - im ursprünglichen Zustand wieder errichtet.